在练兵期间，冯玉祥根据之前旧式部队的种种陋习，对兵操进行了改革，还编撰了《战斗动作歌》《射击军纪歌》和《利用地物歌》来教习新军。5月中旬，冯玉祥被派往京西三家店守护陆军部军械所，驻防之后，冯玉祥成立了头目讲堂、官长讲堂和特别兵讲堂，以及拳击技术班、器械体操班，并编了一本八百字课，为新兵启蒙之用。在三家店驻防半年之后，冯玉祥所部又被调往平则门旧火药库驻防，在此期间其所部在年末会考时取得第一名，从而遭到其他部队的嫉妒和抨击，冯玉祥乃作《精神歌》《国耻歌》和《爱百姓歌》来激励士兵。到1913年春，冯玉祥部又调回三家店，是年秋天，左路备补军又另成立左翼第一团和左翼第二团，冯玉祥奉令招编左翼第二团，冯玉祥遂又往河南郾城一带招募新兵。新兵招募完成后，冯玉祥便奉命在北苑练兵，三个月后又被调至东城东四禄米仓驻防。
1914年，为了镇压在河南、陕西一带的白朗起义，北洋政府任命陆建章为剿匪督办，将原来的备补军改编为警卫军，冯玉祥部被扩编为警卫军左翼第一旅，任命冯玉祥为旅长兼第一团团长。部署完成之后，即命其到渑池待命，此后，冯玉祥部便驻守西北，以此成为西北军的开端。1915年，冯玉祥部奉命入川，遂率部跋涉剑阁蜀道进入四川。
